發酵床養殖當中，墊料的選擇很關鍵。鑒于存在地區的差異，根據當地情況選擇適合的發酵床墊料可以說在養殖環節中不僅可以節省成本，還可事半功倍。
一、墊料在發酵床中起到的作用
發酵床其實是依靠干撒式發酵床菌種中的微生物發酵分解動物糞便的一個小微生物生態循環系統，床其實就是微生物發酵的地方。所以我們鋪設墊料的目的就是給微生物提供一個合適的發酵環境。根據金寶貝干撒式發酵菌種發酵原理，菌種需要利用合適的碳源和氮源才能發酵床，糞便提供氮源，而墊料就是提供碳源，所以發酵床墊料的作用就是提供碳源及提供微生物活動的場所。
二、發酵床墊料該如何選擇
選擇發酵床墊料的范圍很廣，可以用秸稈、稻草、鋸末、玉米芯、樹枝、樹葉、稻殼等等多種物料，一般優先選擇鋸末，其次是稻殼、秸稈、樹葉、玉米芯等。因為鋸末質地松軟，可吸收水分多，可有效吸附惡臭成分;另外鋸末的惰性較強，抗腐蝕，耐消耗，使用時間長，它的吸附性、透氣性和含碳量都比其他物料要好。
發酵床的墊料必須有一定的強硬度，不然豬、養、牛等較大型動物易造成發酵床的塌陷，影響使用效果。
需要注意的是，在選擇鋸末做墊料是，要采用原木鋸末，不含人工漆、膠等物質的，以免造成動物中毒現象，大小粗細均勻即可。鋸末太細容易造成粉塵，造成養殖動物的呼吸道感染，且發酵床透氣性不好，容易造成發酵床氧氣不足，菌種分解效果不佳。太粗的鋸末吸附性不強，不能充分的為菌種提供發酵環境，空隙太大，吸附糞便、水分、菌種的能力不夠。鋸末的樹種沒有太大要求，但是一般梧桐杉木松木效果更好一些，楊木鋸末相對稍差。
